环境配置
本书在以下环境中进行了运行测试。
电脑环境¶
- macOS Monterey (12.4)
- 四核 Intel Core i7
- 内存 32GB
软件版本¶
- R: 4.3.0
- Seurat: 4.3.0
- SingleR: 2.4.1
- celldex: 1.12.0
- SingleCellExperiment: 1.24.0
Seurat 的 v5 版本未进行运行保证。由于通常的库安装会安装 Seurat 的 v5 版本，建议您使用以下命令安装 Seurat 4.3.0 版本。
devtools::install_github("satijalab/seurat", ref = "tags/v4.3.0")
或者，建议使用第 1 章中介绍的本书专用的 Docker 镜像，在 Docker 上启动 RStudio Server。