1.4 在 Docker 中启动 Rstudio

RStudio Server 是 RStudio 的一种服务器版本，它是一种集成开发环境（IDE），可以通过网络浏览器进行访问。RStudio Server 允许用户在各种环境中运行 R 并开发和执行 R 脚本，包括云环境、远程服务器、虚拟机和容器等。

为了确保在第 5 章中无错误地安装库，我们准备了本书专用的 Docker 镜像 kinngut/single-cell:latest。推荐您使用这个镜像进行操作。

!!!{warning} 如果您使用的电脑内存为 8~16GB，在进行 Seurat 的前处理时可能会出现内存不足的错误。对于这种情况，请按照第 6 章《R 和 RStudio 的安装》中介绍的方法，在不使用 Docker 的情况下继续进行本技术书的操作。

请按照以下步骤执行，以启动RStudio Server并在本地pull Docker镜像。

首先，运行以下命令将Docker镜像pull到本地：

docker pull kinngut/single-cell:latest

然后，依次执行以下命令：

cd ~/Desktop
mkdir R

这里，R是新创建的目录的名称。这个命令会在当前目录（在本例中是桌面）下创建一个名为R的新目录。

在创建好目录后，可以运行以下命令启动Docker容器：

docker run -d -p 8787:8787 -v ~/Desktop/R:/home/rstudio/R -e PASSWORD=yourpassword kinngut/single-cell:latest

请注意，将yourpassword替换为您自己设置的密码。

此时，您可以在浏览器中访问RStudio Server。打开浏览器并输入以下地址：

http://localhost:8787

使用用户名rstudio和您在上一步中设置的密码进行登录。

在桌面上会有一个名为R的文件夹，请将您的解析文件放入该文件夹中。这样，您就可以在RStudio Server上读取这些文件进行分析。

按照这些步骤操作后，您将能够在RStudio Server上顺利进行scRNA-seq数据的分析。