4.2 准备使用 Seurat 进行分析

什么是 Seurat？

Seurat 是一个用于单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据分析的 R 包。它可以对 scRNA-seq 数据进行规范化处理和可视化分析。Seurat 提供了丰富的工具和功能，帮助研究人员深入分析单细胞水平的基因表达数据，从而揭示细胞异质性和生物学过程。

Seurat的介绍与安装

Seurat是一个用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析的R包。通过Seurat，研究人员可以对scRNA-seq数据进行规范化处理、聚类分析、降维和可视化等操作。Seurat的制作者提供了详细的教程，帮助用户更好地理解和使用这个工具。以下是关于Seurat安装和环境设置的详细步骤和说明。

Seurat的安装和环境设置

在开始Seurat的教程之前，首先需要安装必要的R包。如果使用Docker镜像，运行install.packages("Seurat")时会安装v5版本，因此建议跳过这一步。

1. 安装必要的R包：

install.packages("dplyr")
install.packages("Seurat") # 使用Docker镜像的用户建议跳过此步骤
install.packages("patchwork")

1. 加载安装好的R包：

library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

获取生数据

从Seurat的官方网站下载生数据。访问以下链接，并从页面中的"here"下载数据：

Seurat PBMC3k教程数据

请将下载的文件解压到桌面上。然后在RStudio的右下角窗口中导航到桌面，按照以下步骤操作：

1. 勾选下载的文件
2. 点击"More"
3. 选择"Set As Working Directory"

请注意，如果操作错误，后续代码将无法运行。

执行以下命令，如果输出的路径以Desktop结尾，则说明设置正确（仅适用于Mac）。

> getwd()
[1] "/Users/[用户名]/Desktop"