5.3 使用 FeaturePlot 检查基因表达
刚才,我们已经将各个簇分配到了细胞类型。然而,确认细胞类型是否正确分配是非常重要的。
FeaturePlot
函数可以在 UMAP 图上显示每个基因的表达情况,因此我们可以用它来检查标记基因的表达情况。
这次我们将使用 CD14 作为单核细胞的标记,CD3E 作为 T 细胞的标记。请执行以下代码:
FeaturePlot(pbmc, features = c("CD14", "CD3E"))
如果得到如下结果,则表示成功。
在被分配为单核细胞(monocytes)的簇中,可以观察到 CD14 的表达;在被分配为 T 细胞(T-cell)的簇中,可以观察到 CD3E 的表达。通过这种方式,实际绘制并检查各类标记基因的表达情况是非常重要的。